Большую часть книг Николай Пономарёв написал в соавторстве со своей женой, Светланой Пономарёвой.

Николай и Светлана являются приёмными родителями. Помимо двух родных детей они воспитывали трёх приёмных с 2005 по 2019 годы. По словам Николая, взять детей на воспитание их вдохновила работа над книгой «Боишься ли ты темноты?», где по сюжету главный герой, ветеран войны, усыновляет ребёнка. Старшая приёмная дочь учится в медицинском институте.

Николай Пономарёв — автор как реалистической, так и фантастической («Город без войны», «290 лет назад и далее») прозы, пишет сказки. Но, независимо от жанра, для его книг характерен психологизм персонажей и сюжета. Как признаёт и сам автор, здесь отчасти его вдохновляет профессия педагога-психолога: «Преподавание дало мне тот опыт, без которого поздние вещи никогда не были бы написаны. Колорит, характеры, психология — многое я принёс с работы». Кроме того, для некоторых книг Светланы и Николая характерен натурализм, социальная тематика и трагические сюжеты. В силу этого дебютная антиутопия «Город без войны» была изначально задумана как книга для взрослых.

Другим сквозным мотивом в творчестве Николая становится первая серьёзная любовь («Фото на развалинах», «Точка Бифуркации»). С повестью «Точка бифуркации» в 2019 году вошёл в шорт-лист международной премии имени В. П. Крапивина.