Карьера Фрэнсис Хардинг в качестве писательницы началась после того, как она выиграла литературный конкурс рассказов в журнале. Её подруга и детская писательница Рианнон Ласситер посоветовала ей попробовать свои силы в детской литературе. И вскоре после победы в конкурсе Фрэнсис Хардинг приступила к написанию романа для детей, получившего название «Fly by Night. Хроники Расколотого Королевства». Когда пять глав были готовы, Рианнон Ласситер начала убеждать подругу показать рукопись издателям. Если бы не долгие уговоры Ласситер, Хардинг так и не решилась бы показать своё произведение издательству «Macmillan». В результате издательство не только одобрило роман, но и заключило с Хардинг контракт сразу на несколько книг. Это позволило Фрэнсис оставить работу и полностью посвятить себя писательству.

Роман «Fly by Night. Хроники Расколотого Королевства» был издан в 2005 году. Это история двенадцатилетней сиротки Мошки Май, которая, сбежав из дома своего дяди, отправляется в путешествие по Расколотому королевству, отдалённо напоминающему Англию начала XVIII века. Компанию девочке составляют боевой гусь Сарацин — её единственный друг, и Эпонимий Клент — поэт, авантюрист и шпион. Эту необычную троицу ждут опасные приключения. Героям предстоит столкнуться с разбойниками и ворами, заговорщиками и контрабандистами, сумасшедшим герцогом и его интриганкой-сестрой. В 2006 году первая книга писательницы получила престижную британскую премию «Branford Boase Award» и была номинирована на премию газеты «The Guardian» за лучшую детскую книгу, что положило начало длинному списку наград и номинаций Фрэнсис Хардинг. В 2011 году вышла книга «Недобрый час. Хроники расколотого королевства» («Twilight Robbery»), являющаяся продолжением дебютного романа писательницы. На этот раз Мошка Май и Эпонимий Клент попадают в город Побор, где происходят таинственные события. Поначалу Побор представляется идеальным городом. Но затем становится понятно, что за благополучным фасадом Дневного Побора скрывается мрачная жизнь обитателей ночного города. В этом странном месте Мошка и Клент берутся расследовать похищение дочери мэра, всеобщей любимицы Лучезары.

В 2007 году вышла книга «Колодец желаний» («Verdigris Deep»). По сюжету трое друзей-подростков расплачиваются за проезд в автобусе монетками, позаимствованными из колодца желаний, а затем с ними начинают происходить необъяснимые вещи. Вскоре выясняется, что ребята оказались в подчинении у Духа колодца, который, наделив их сверхъестественными способностями, заставляет исполнять чужие желания. Забавные и поначалу безобидные приключения перерастают в нечто чудовищное. Ведь главные герои должны исполнять любые желания. А истинное желание может быть разрушительным для самого человека и окружающих.

В 2009 году был издан роман «Остров Чаек» («Gullstruck Island»). Затерянный в океане Остров Чаек — загадочное и опасное место. Там живёт много разных племён, каждое со своей религией, обычаями, языком. На этом острове вулканы ссорятся, жуки-забвенчики поют опасные песни, а некоторые люди из разных племён могут отпускать свои чувства и разум в полёт. Таких людей называют Скитальцами. Главная героиня романа — двенадцатилетняя Хатин, вынужденная с рождения заботиться о старшей сестре Арилоу, которая, возможно, является Скиталицей. Когда на Острове Чаек начинают происходить зловещие события, сёстры оказываются в смертельной опасности. Чтобы спасти свои жизни, девочки вынуждены пуститься в бега.