В 1995 году М. Митрофанов познакомился с Л. В. Владимирским, создавшим классический образ Буратино. Знаменитый художник-иллюстратор стал старшим другом и наставником Митрофанова. Иллюстрируя свои первые книги, М. Митрофанов равнялся на мастера. Общение двух художников не ограничивалось стенами мастерской: они посещали выставки и спектакли, встречались с коллегами. В числе людей, особенно повлиявших на его взгляды, М. Митрофанов называет также художника-иллюстратора Н. Г. Гольц и искусствоведа В. С. Манина.

В 1997 году М. Митрофанов вошёл в Совет по детской книге России (национальная секция IBBY).

В 1997, 1998 и 2000 годах московское издательство «Белый город» выпускало серию «Волшебство», в которую вошли самые известные сказки мира в пересказах С. А. Седова, Е. В. Григорьевой, Л. Г. Яковлева, и М. Митрофанов принимал участие в оформлении книг этой серии. Он создал иллюстрации к таким книгам, как «Госпожа Метелица», «Звёздный мальчик», «Повелитель джиннов», «Три горшка золота», «Щелкунчик» и др. В 1997 году в том же издательстве в серии «Русские народные сказки» вышла книга «Летучий корабль» с иллюстрациями М. Митрофанова.