Из художественных работ Ютты Бауэр наиболее известны её рисунки в книгах классиков немецкой и австрийской детской литературы Джеймса Крюса (James Jacob Hinrich Krüss) и Кристине Нёстлингер (Christine Nöstlinger), которую Бауэр знала лично, а также иллюстрации к произведениям Бенно Плудры (Benno Pludra) и Петера Хёртлинга (Peter Härtling). Полюбились читателям иллюстрации Бауэр в книгах Кирстен Бойе (Kirsten Boie) о приключениях детсадовца Джули: «Kein Tag für Juli» (1991), «Juli, der Finder» (1993), «Juli tut Gutes» (1994), «Juli und das Monster» (1995), «Juli wird Еrster» (1996), «Juli und die Liebe» (1999). Очень популярна в Европе книга «Aller Anfang» (2006) Юрга Шубигера (Jürg Schubiger) и Франца Холера (Franz Hohler), рассказывающая детям о сотворении мира. Два писателя и художник пытаются ответить на вопросы: как возникла наша Вселенная? откуда взялись звёзды, Солнце, Земля и Луна? а море? а язык, с помощью которого люди всему дали названия? а человек — он кто и откуда? Иллюстрации в этой весьма привлекательной с эстетической точки зрения книге Бауэр выполнила в технике коллажа.

С 1995 года Ютта Бауэр стала сочинять собственные истории и сама их иллюстрировать. Её первой авторской книгой стала «Abends, wenn ich schlafen geh». Это «перепев» старинной колыбельной, в которой четырнадцать ангелочков охраняют сон малыша. Бауэр заменила ангелов лисицами, внеся в произведение толику забавного абсурда. Из всех авторских книг Бауэр критика выделяет следующие: «Selma» (1997), «Die Königin der Farben» (1998), «Однажды мама ругалась» («Schreimutter», 2000), «Opas Engel» (2001).